Havza'daki çalışmalarını tamamladıktan sonra Mustafa Kemal ve arkadaşları, 12 Haziran 1919'da Amasya'ya geçtiler. Milli Mücadele çalışmalarını sürdüren Mustafa Kemal, Hüseyin Rauf Orbay, Refet Bele ve Ali Fuat Cebesoy birlikte Amasya Genelgesi'ni hazırladılar. Hazırlanan bildiri, Erzurum'da 15. Kolordu Komutanı Kazım Karabekir'e sunuldu. O'nun da onayının alınmasından sonra, bildiri, 22 Haziran 1919'da tüm mülki amir ve askeri komutanlara telgrafla Abdurrahman Rahmi Efendi tarafından ulaştırıldı. Amasya Genelgesi, milli mücadelenin temel gerekçe, amaç ve yöntemini ilk olarak belirtmiş oldu. Amasya Genelgesi'nin yayınlanması İstanbul'da bulunan işgal güçlerinin tepkisini çekmişti. Özellikle İngilizlerin, Mustafa Kemal'i geri getirmek için İstanbul Hükümeti üzerindeki baskıları iyice artmıştı. Mustafa Kemal, İstanbul'a dönmediği için daha sonra görevinden alınacaktır. O sırada İçişleri Bakanı olan ve Milli Mücadele'ye sıcak bakmayan Ali Kemal Bey, bir genelge yayınlayarak, Mustafa Kemal'in iyi bir asker olduğunu, fakat İngiliz baskısı sonucu görevinden alındığını duyurmuştur.
Amasya Genelgesi'nin içeriği şöyledir:
1- Vatanın bütünlüğü, milletin istiklâli tehlikededir.
2- İstanbul Hükümeti, üzerine aldığı sorumluluğu yerine getirememektedir. Bu hal, milletimizi âdeta yok olmuş göstermektedir.
3- Milletin istiklâlini, yine milletin azim ve kararı kurtaracaktır.
4- Milletin içinde bulunduğu bu duruma göre harekete geçmek ve haklarını yüksek sesle cihana işittirmek için her türlü tesir ve denetimden uzak milli bir heyetin varlığı zaruridir.
5- Anadolu'nun her bakımdan emniyetli yeri olan Sivas'ta bir kongre toplanacaktır.
6- Bunun için her ilden milletin güvenini kazanmış üç temsilcinin mümkün olduğu kadar çabuk yetişmek üzere yola çıkarılması gerekmektedir. Bu temsilciler, Müdafaa-i Hukuk, Redd-i İlhak cemiyetleri ve belediyeler tarafından seçilecektir.
7- Her ihtimale karşı, bu meselenin bir milli sır halinde tutulması ve temsilcilerin, lüzum görülen yerlerde, seyahatlerini kendilerini tanıtmadan yapmaları lazımdır.
8- Doğu illeri için, 10 Temmuz'da Erzurum'da bir kongre toplanacaktır. Bu tarihe kadar diğer illerin temsilcileri de Sivas'a gelebilirlerse; Erzurum Kongresi'nin üyeleri, Sivas genel kongresine katılmak üzere hareket edecektir.
