Bilgisayar mühendisliği temel olarak yazılım, programlama ve algoritma ile ilgilenir. Bilgisayar ağları, veritabanı yöneticiliği ve gömülü sistemler de diğer çalışma alanlarıdır.

Bilgisayar mühendisleri, programlama dilleri, yazılım tasarımı ve yazılım - donanım tümleştirmesi eğitimi alırlar. Yazılımların neyi yapabileceği neyi yapamayacağı (bk. Hesaplanabilirlik), yazılımların belirli bir görev üzerinde nasıl etkili bir verim gösterebilecekleri (bk. algoritma ve karmaşıklık), yazılımların saklanmış bir veriyi nasıl yazıp okuyabilecekleri (bk. veri yapıları ve veritabanları), yazılımların nasıl daha akıllı çalışabilecekleri (bk. Yapay zekâ), insan ve yazılımların birbirleriyle nasıl bir iletişim içerisinde olacakları (bk. insan bilgisayar etkileşimi ve kullanıcı arayüzleri) konuları üzerinde ve ASIC, FPGA, devre tasarımı ile donanım-yazılım entegrasyonu alanlarında çalışırlar.